We wrześniu 1999 r wybrano pierwszą Radę Rodziców, na czele której stanęła
pani Jolanta Wojtasiak W październiku 1999 r. gimnazjaliści wybrali swoją pierwszą Radę Samorządu Uczniowskiego. Pierwszą przewodniczącą została Agata Krupkowska. W maju 2002 roku kolejne wybory do Rady Samorządu Uczniowskiego wyłoniły nowy skład rado oraz wybrano nową przewodniczącą, Karolinę Wieczorek. W czwartek 20 czerwca 2002 roku Miejskie Gimnazjum w Chodzieży opuściła 328 osobowa grupa pierwszych absolwentów Z dniem 1 września 2002 roku zafunkcjonowały dwa nowe oddziały: - klasa o poszerzonym programie wychowania fizycznego
z ukierunkowaniem na piłkę nożną chłopców
- klasa przysposabiająca do pracy
W dniu 21 września 2002 r. dokonano oficjalnego otwarcia hali sportowej przy naszym gimnazjum 
We wrześniu 2002 roku wybrano nowe władz Rady Rodziców.
Nowym przewodniczącym został pan Marek Bocheński Na wspólny wniosek: Dyrektora i gimnazjum, Rady Pedagogicznej, Samorządu Uczniowskiego oraz Rady Rodziców, na sesji w dniu 18 października 2002 r. Rady Miejskiej w Chodzieży podjęła uchwałę o nadaniu szkole imienia(Uchwała Rady Miejskiej Nr XLV/415/2002 z dnia 10 października 2002 roku)  Ignacego Jana Paderewskiego
12 września 2003 r. w ramach wizytacji Parafii NNMP w Chodzieży gimnazjum nasze odwiedził k. Biskup dr Grzegorz Balcerek 26.czerwca 2003 r. Zarząd Główny Związku Sybiraków
w uznaniu zasług dla Związku Sybiraków wyróżnił Miejskie Gimnazjum w Chodzieży ODZNAKĄ HONOROWĄ SYBIRAKA
Nr 22167/2003 
22 października 2003 r. Miejskie Gimnazjum w Chodzieży
otrzymało certyfikat SZKOŁY Z KLASĄ. 
Z okazji Dnia Patrona Miejskiego Gimnazjum w Chodzieży odsłonięto w styczniu 2004 r tablicę pamiątkową 
27 lutego 2004 r.
uroczystość wręczenia szkole sztandaru 25 maja 2004 r. odbyły się wybory do Samorządu Uczniowskiego. Na przewodniczącego wybrano Pawła Wajde. 7 lipca 2004 roku odbył się konkurs na stanowisko dyrektora Miejskiego Gimnazjum w Chodzieży. W wyniku postępowania konkursowego Burmistrz Miasta powierzył tę funkcję panu Jarosławowi Frankowskiemu, dotychczasowemu dyrektorowi szkoły. 
25 maja 2005 roku odbyły się kolejne wybory do rady Samorządu Szkolnego.
Na przewodniczące wybrano ponownie Pawła Wajde Dzięki pomocy sympatyków i przyjaciół szkoły udało się w dniu 20 stycznia 2006 r. dokonać oficjalnego otwarcia: Izby Tradycji
Szkoły Podstawowej nr 2 funkcjonującej w murach tej szkoły w latach 1959-2001
oraz Miejskiego Gimnazjum w Chodzieży z lat 1999 do dnia dzisiejszego, 
Szkolnej Galerii 
a także
Szkolnego Centrum Informacji Multimedialnej. 
Przy okazji otwarcia Izby Tradycji 20 stycznia 2006 r.
pan Jacek Gursz - prezes Chodzieskiego Klubu Gospodarczego,
podarował naszemu gimnazjum prywatne
Reprint francuskiego wydania Konstytucji 3 maja (z 5 maja 1791 roku) 
Targi PROMOCJE 2007 2 czerwca 2007 roku nasze gimnazjum prezentowało swój dorobek
na Targach PROMOCJE 2007 organizowanych przez Chodzieski Klub Gospodarczy 
Szkoła otrzymała wyróżnienie za bogatą ofertę edukacyjną
oraz promowanie talentów uczniowskich w środowisku lokalnym. We wrześniu 2007 roku zgodnie z nowelizacją Ustawy o Systemie Oświaty dokonano tajnego wyboru członków do Rady Rodziców. Przewodniczącym został pan Jan Lutka. 
10 grudnia 2007 roku gimnazjum nasze otrzymało z Europejskiego Funduszu Strukturalnego dwa nowoczesne zestawy komputerów do czytelni. 22 maja 2007 roku odbyły się wybory do Rady Uczniowskiej Samorządu Szkolnego.
Przewodniczącą została Natalia Zadworna
W kwietniu 2008 roku uczniowie Miejskiego Gimnazjum w Chodzieży uzyskali certyfikat „Uczeń z Klasą”. 
Uczniowie z klasą realizowali projekty w jednym z trzech obszarów:
"Badam świat", "Jestem twórcą", "Pomagam innym"
oraz dokumentowali swoją pracę na stronach internetowych www.szkolazklasa.pl Podczas posiedzenia Rady Pedagogicznej w dniu 28 sierpnia 2008 roku nominację na stanowisko wicedyrektora ds. dydaktycznych otrzymała mgr Małgorzata Gawron. 
1 września 2008 roku odbyła się konferencja prasowa Inaugurująca Rok Szkolny 2008/2009 w Powiecie Chodzieskim z udziałem Wiceministra Gospodarki – Adamem Szejnfeldem 
4 września 2008 roku w naszym gimnazjum gościł
Prezydent RP na Uchodźctwie Ryszard Kaczorowski 
| 
Dzisiejsze polskie gimnazja nie mają więc, prócz nazwy, wiele wspólnego z wyżej wymienionymi. Legitymująca się krótką, zaledwie dwuletnią historią: są to szkoły nowego typu, powstałe w wyniku reformy ustroju szkolnego z 25.VII.1998 r.
